新疆国家瓜类工程技术研究中心（以下简称“中心”）是2003年12月经国家科技部批准由新疆西域实业集团有限公司、新疆农科院和新疆农业大学联合组建，2008年通过国家科技部验收正式命名挂牌。 “中心”凭借新疆瓜类资源和产业的地缘优势，针对影响瓜类产业发展中的重大关键性、基础性和共性技术问题进行自主研发与集成创新，通过内联外合多种形式的合作机制，凝聚了一批国内瓜类行业中合作研发队伍，形成了一个独具特色的瓜类科技合作开放的研发平台。2013年“中心”针对新疆籽用西瓜（以下简称“籽瓜”）产业发展需求，经自治区科技厅批准于新疆农业大学园艺学院成立“新疆国家瓜类工程技术研究中心-籽瓜分中心”，“籽瓜分中心”针对新疆籽瓜产业存在的主要问题重点开展籽用西瓜种质创新与新品种选育，安全高效生产栽培技术服务的科研工作。
分中心主要科研工作：
1、种质资源研究利用与创新
瓜类种质资源引进收集整理保存及研究利用，现拥有瓜类种质资源5780多份。
2、瓜类育种技术研究与应用
采用传统常规育种与现代分子育种技术相结合，利用多亲复合杂交、远缘杂交、诱变育种及生物技术育种等多种手段全面开展了西瓜、籽瓜、甜瓜、南瓜及砧木品种的新品种选育工作。
（1）多亲复合杂交及远缘杂交
采用粘籽西瓜与籽用西瓜亚种间杂交及回交或多亲复合杂交途径改良籽用西瓜抗性，选育抗病籽用西瓜杂交新品种（系）3个。远缘杂交拓宽了籽用西瓜的遗传背景，丰富了籽瓜遗传多样性。
（2）化学诱变技术
通过采用新型诱变剂“ORYZALIN”进行四倍体西瓜不同诱变处理方法的研究，使诱变率大幅度提高（10%-47%），目前已获得一批小果型和大果型四倍体西瓜自交系。
（3）瓜类生物技术育种应用
利用瓜类体细胞无性系变异筛选优良突变体育种材料，利用甜瓜小孢子培养技术进行单倍体育种技术研究。
3、健康种子生产与分子检测技术
针对我国西甜瓜种子携带病原菌和种子质量下降问题，尤其是目前制约国内瓜类种业及商品生产的检疫性病害——细菌性果斑病（BFB)，“中心”与国内外进行广泛的合作交流与研究，进行西瓜、甜瓜重要种传病原菌高通量分子检测技术开发，建立从种子生产基地，到种子处理一整套，符合国际标准的西甜瓜健康种子制繁新体系。以生产健康优质种子为目标，加强种子生产全过程的技术服务和质量检测，同时建立了健康种子生产加工示范基地，制定了健康种子生产、加工技术规程（地方标准）；
（1）健康种子标准化生产关键技术集成与研究
“中心”在对种传病害的传播途径、侵染机理和流行规律进行深入研究的基础上，选择适宜于病害自然控制的种植区域，作为西甜瓜制种基地，利用生态的、农业的、生物的和化学的病害防控技术，减少西甜瓜种子在田间生产过程中携带病原物；建立标准化健康种子生产基地，示范推广西甜瓜健康种子生产及田间病虫害防控技术。
（2）种子采后处理关键技术集成与研究
种子处理技术发展方向是提高种子活力并消除种子携带病原菌，适应现代农业规模化生产的需要。对采收后的干、湿种子进一步应用药剂、干热和辐射处理方法，消除种子带菌，并对无菌的种子进行粒选、色选、包衣加工处理。2013年，“中心”推广技术成果1项，制定采后种子处理技术规程2项。
（3）健康种子分子检测技术集成与研究
种子检测技术的发展趋势是便捷、快速、准确鉴别种子的活力及种子健康状况。2013年，“中心”针对制种发展“瓶颈”的细菌性果斑病，与南京农大合作开发出了国际领先的快速检测与控制技术，获得发明专利1项，并于8月牵头组建成立了“新疆瓜菜种子健康检验检测中心”，为瓜类商品生产和健康种子的生产和提供了技术保障，通过技术推广应用，减少瓜类种传致病菌的携带，降低田间农药使用量，带动全国的西甜瓜健康种子生产，恢复新疆作为世界绿色制种基地的地位。